日本擔心美國將要求對日本汽車實施出口上限。雖然這類上限在技術面違反世貿組織規則，但美國成功讓南韓在9月同意將鋼鐵出口上限設在先前出口量的70%，也讓加拿大與墨西哥設定汽車出口上限。

日本更擔心美國把目標放在藥品與醫療設備。文件顯示，美國希望日本的規定是「透明、程序公平且非歧視性的，並且為美國產品提供全面市場准入」，但日本官員指出，華府希望日本改變藥品定價制度。

日本當局為因應人口老化導致公共財政吃緊，4月時讓政府較易於調降藥品價格。然而有意在日本銷售高價藥物的美國藥廠反對這項變革。此外，美國總統川普也企圖讓自家藥廠在海外更容易獲利，換取在美國本土降低藥價。因此，藥價議題可能成為美日談判的癥結點之一。

匯率是另一大問題。美國車廠擔心日圓走貶會拉抬日本車出口，正要求日本接受避免匯率操縱的條款。日本則反對這點，理由這超越新貿易協議只涵蓋貨物的立場。文件指出，美國將確保日本避免操控匯率，以免日本業者在收支帳調整後取得不公平的競爭優勢。